タイトル通り、某論文執筆時にwordで行数を指定しているのにその通りにならない問題が起きました（Office 2016 for Mac）。で、ネットで調べたら以下のサイトを参照しました。

http://office-qa.com/Word/wd57.htm

僕の場合は、「行数が合わない編」の「原因２：行間が1行ではない」の通りに設定したら解決しました。Wordの設定、中々めんどくさい奥が深いです。